Στο Τμήμα Αρχιτεκτόνων του Α.Π.Θ. λειτουργούν έξι (6) μεταπτυχιακά προγράμματα. Χαρακτηριστικό των προγραμμάτων αυτών είναι ότι για την οργάνωση και τη λειτουργία τους συνεργάζεται ένας αριθμός Τμημάτων του Α.Π.Θ. ή άλλων Πανεπιστημίων της χώρας. Στόχος είναι η διεπιστημονική προσέγγιση στην εμβάθυνση του γνωστικού αντικειμένου κάθε προγράμματος. Στα μεταπτυχιακά προγράμματα διδάσκουν καθηγητές από διαφορετικές ειδικότητες ενώ το ακροατήριο συντίθεται κυρίως από διπλωματούχους των ιδρυμάτων που συμμετέχουν στα προγράμματα. Και τα πέντε μεταπτυχιακά προγράμματα συντονίζονται από το Τμήμα Αρχιτεκτόνων.
